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El manejo agronómico influye en la dinámica de la materia orgánica del suelo (MOS) y sus diferentes fracciones. En este estudio se determinaron fracciones activas de la MOS: fracción liviana libre (FLL), fracción liviana intraagregados (FLI), biomasa microbiana y C-CO₂ mineralizado, en un suelo volcánico cultivado con distintas rotaciones, y posteriormente se evaluó su uso como indicadores biológicos del impacto del manejo agronómico en el suelo. El estudio se realizó en un experimento de campo de ocho años, con diferentes sistemas productivos (rotaciones) en un diseño de bloques completos al azar. La FLL fue determinada por fraccionamiento físico, usando NaI (1,8 g cm^-3) y la FLI fue obtenida por sonicación (1.500 J s^-1). La biomasa microbiana se cuantificó a través de fumigación-incubación (FI), y la respiración basal del suelo (evolución de C-CO₂) por incubación durante 10 días. La rotación disminuyó (P < 0,05) los contenidos de C y N de la FLL, de 1,69 g C-FLL kg^-1 suelo (rotación con 5 años de alfalfa, Medicago sativa L.) a 0,49 g C-FLL kg^-1 de suelo (rotación con cultivos anuales). Sin embargo, estos contenidos en la FLI no mostraron una tendencia clara y consistente (P < 0,05). La biomasa C y N, disminuyeron (P < 0,05) con la mayor intensidad de uso del suelo, de 551 a 264 μg C-CO₂ g suelo^-1, y de 106 a 35 μg N-(NO₃- + NH₄⁺) g suelo^-1, respectivamente. Los tres índices estudiados representaron indicadores apropiados para determinar cambios en la calidad de la MOS producto del manejo agronómico.