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El presente trabajo expone y discute los resultados de veinte años (1975-1995) de análisis de aguas del Río Elqui y sus tributarios, realizados por la Dirección General de Aguas. Su discusión se complementa con la de resultados de estudios recientes de la geoquímica de los sedimentos de la misma cuenca. Entre sus principales conclusiones destaca la alta concentración de Cu y As de los ríos Toro, Turbio y Elqui, que reciben el aporte directo (Río Toro) o indirecto de las aguas del Río Malo, que drena la zona de alteraciones hidrotermales y mineralizaciones de Au-Cu-As del distrito minero de El Indio. La intensificación de las faenas minero-metalúrgicas de El Indio coincidió con incrementos en los contenidos de As y Cu de los ríos Toro, Turbio y Elqui, aunque los de As son progresivamente atenuados por el efecto de dilución debido al aporte de ríos tributarios pobres en ese elemento. Por otra parte, el Río Elqui ha recibido aportes significativos de Cu provenientes del distrito minero de Talcuna, situado en la Quebrada Marquesa. Aunque las actividades mineras de El Indio contribuyeron probablemente a aumentar el contenido de As, Cu y Fe de las aguas, estos y otros metales pesados han estado presentes en las aguas afectadas por drenaje ácido del Río Malo desde mucho tiempo antes de que dichas actividades se iniciaran. Igualmente, el Río Malo continuará siendo una fuente contaminante después del cierre - ya completado - del distrito minero de El Indio.