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La industria chilena del vino se ha modificado substancialmente en las últimas décadas, predominando la plantación de los denominados "cultivares finos" sobre los tradicionales, como la cepa País. Por otra parte, la globalización de los mercados ha resaltado la necesidad de certificar la identidad genética y pureza de los cultivares, que hasta hace poco tiempo se realizó exclusivamente mediante ampelografía. El análisis directo del ADN ha permitido el desarrollo de nuevas y poderosas herramientas analíticas, como las secuencias de mini- y microsatélites, actualmente usadas como marcadores moleculares para diferentes fines. En este trabajo se presenta la caracterización genética de los cultivares de vides de vinificación más comúnmente usados en Chile. Para este propósito, se ha usado un conjunto de 12 marcadores de microsatélites para caracterizar 20 cultivares de vino tinto y blanco, generando patrones alélicos únicos para cada uno de ellos. La heterocigocidad esperada (He) para cada marcador fue bastante alta y diversa, entre 0,27 y 0,87 (promedio 0,70), y fue tan diversa como el número de alelos detectados con cada marcador, desde sólo cuatro para VVMD-25, VVMD-34 y VVS-29, hasta 10 para VVMD-28. El número de genotipos identificado con cada marcador fue moderado en algunos casos, cuatro en VVMD-34, y hasta 15 con VVMD-28. La combinación de un pequeño número de estos marcadores (por ejemplo, VVMD-5 más VVMD-28) fue suficiente para obtener una completa diferenciación de los cultivares. Considerando estos antecedentes, se propone una combinación de marcadores para ser usada en certificación genética de cepas viníferas.